薬を飲ませるのは、気温が涼しくなるまででいい…？【×】

そうですね。体感温度で判断をせずちゃんと獣医師の指示に従って必要な期間に必要なタイミングで飲ませてあげてください。

感染期間は、学術的には気温の積算で計算します（HDUといいます）。
でも、一番優先させるのは先生の指示ですよ。

詳しくはこちらを見てください。